Sejarah mengenai MTs Ummul Qura tidak bisa terlepas dari sejarah pondok pesantren Ummul Qura, setelah Pondok Pesantren Ummul Qura didirikan oleh bapak KH. Syarif Rahmat RA, SQ., MA, maka dalam tempo satu tahun MTs Ummul Qura sebagai wadah pendidikan Formal untuk santriwan/i dibuka dengan mendapat perizinan dari Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Jawa Barat dengan surat keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Jawa Barat No. Wi/I/HK.008/295/95 tertanggal 5 Desember 1995. Kemudian setelah Kabupaten Tangerang menjadi wilayah Banten maka diberikan NSM pemutihan dengan berdasarkan Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama PropinsiBanten. Saat ini wilayah pondok cabe sudah menjadi Kota Tangerang Selatan namun sampai saat ini belum ada pemutihan karena kita masih menginduk ke Kantor Kementrian Agama Kabupaten Tangerang.Perkembangan MTs Ummul Qura dari waktu kewaktu cukup meningkat. dari segi jumlah siswa ketika tahun-tahun pertama berdiri siswa hanya terdiri dari beberapa santri. Namun alhamdulillah dalam perkembangan setiap tahunnya, siswa/i semakin bertambah. MTs Ummul Qura sudah meluluskan 14 Angkatan dari tahun 1995 dan setiap angkatannya alhamdulillah dapat mencapai kelulusan 100 %. untuk angkatan tahun 2010 ini MTs Ummul Qura mengikutsertakan peserta UN sebanyak 22 siswa. Adapun dari segi prasarana dari mulai awal berdiri tahun 1995-2001 MTs Ummul Qura masih meminjam tempat di HI dalam kegiatan belajar mengajarnya. Setelah tahun 2001 sampai sekarang alhamdulillah sudah melaksanakan KBM ditempat sendiri walaupun kondisinya masih dalam katagori darurat. Sampai tahun 2010 ini sarana dan prasarana MTs Ummul Qura belum mengalami perkembangan berarti sehingga jumlah siswa agak menurun. Oleh karena itu kami terus berupaya untuk menggalang bantuan dari manapun khusunya dari Pemerintah demi menunjangnya proses KBM di MTS Ummul Qura . Sampai saat ini MTs Umul Qura terus melakukan usaha untuk dapat meningkatkan sarana dan prasarana disamping tentunya meningkatkan sisi kualitas.
